Sistem pendidikan di PPTQ Al Wahyu disusun secara terpadu dan berjenjang.
Jenjang SMP & SMA dengan Kurikulum Nasional.
Pendidikan agama dengan kurikulum kitab klasik.
Program inti pesantren dengan target 30 Juz Mutqin.
Badan hukum pengelola mutu pendidikan.